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對此，農委會特有生物研究保育中心與中興大學生命科學系共同合作，分析23處國家重要濕地，加上2011年至2014年黑面琵鷺的停棲資料，針對度冬年數、最高數量、可利用棲地面積、地景發展強度、飛行距離等參數，計算棲地品質與連結度，推測應該是近幾年人為干擾程度增加以及魚塭養殖型態改變所致。
▲黑面琵鷺屬於東亞遷徙性水鳥。（圖／金門國家公園管理處提供，下同）
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▲全球約有6成的黑面琵鷺會在台灣過冬。
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全球大約有6成的黑面琵鷺會來到台灣過冬，不過，近年來曾文溪口與四草濕地的黑面琵鷺數量減少，農委會特有生物研究保育中心與中興大學生命科學系共同合作，全面檢視台灣各地黑面琵鷺的棲地品質與連結狀況，推測應該是人為干擾程度增加以及魚塭養殖型態改變，才會讓原本是黑面琵鷺停棲大本營地區的數量降低。
由於食物供應量已不足以支撐原本的黑面琵鷺數量，於是牠們開始向周邊的溼地例如布袋鹽田、八掌溪口、鹽水溪口等地擴散，目前已知最高數量都已經超過100隻，顯然已經成為重要的棲地。另外，從國家重要濕地的連結狀況來看，還可以將黑面琵鷺區分為西北群、東北群及西南群等 3 群。這項研究成果已經獲得國際海洋沿岸管理知名學術期刊 （ Ocean & Coastal Management ）接受，且未來將刊登在期刊上。
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黑面琵鷺被國際自然保護聯盟列為瀕臨絕重的物種，2004年時全球大約只有1200隻，經過相關團體、人士努力保護，在2015年時已經提升為3272隻，其中有2034隻在台灣，占了全球總數量6成。不過，原本黑面琵鷺最常聚集於曾文溪口及四草溼地，但近年來數量卻出出現下降的趨勢，鳥群則有向周邊其他溼地擴散的跡象。
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